У житті Трохима Зіньківського багато подій переплелися у складний вузол — і військовий шлях, і глибоке внутрішнє пробудження, і непримиренна боротьба з обставинами, що гнітили, але не зламали його дух. Особисте національне прозріння не стало для нього випадковим осяянням, а було наслідком тривалої внутрішньої роботи, розширення світогляду, постійної самоосвіти та глибоких роздумів над долею України.
Ще на початку своєї офіцерської служби Зіньківський усе більше звертає увагу на мову рідного народу, починає послуговуватися українською не лише на письмі, а й у щоденному спілкуванні. Його душа, приглушена муштрою, обов’язком та казарменим побутом, поступово починає розквітати. Вроджене національне почуття, яке певний час лишалося у тіні, пробуджується з великою силою і поступово бере гору над усім іншим — він остаточно стає на шлях служіння українській справі.
У ці роки важливу роль у становленні його переконань відіграють знайомства й дружба з однодумцями. Особливе місце серед них займав Левко Смоленський, а також Борис Грінченко, з яким Зіньківський познайомився листовно ще у 1881 році. Їхнє листування стало джерелом духовної підтримки у середовищі, де панувала казенщина, тупа муштра і жорсткий солдафонський лад. Він неодноразово ставав свідком і жертвою принижень: навіть незначна провина могла обернутися гауптвахтою, позбавленням сну, черговими нарядами. Особливо знущальною була стройова муштра, коли від виснаження солдати падали непритомними, і їх тягнули вмивати холодною водою, щоб привести до тями. Багато хто шукав порятунку в алкоголі чи задоволеннях сумнівного ґатунку. А Зіньківський ховався у книжки, шукав у них не лише знання, а й сили.
Завдяки Смоленському він разом з Володимиром Кравченком долучається до наукової роботи — виписують слова і речення зі старовинних українських видань для словника, який готувала Академія наук у Петербурзі.
У серпні 1882 року Зіньківський закінчує юнкерське училище. Хоч мав усі підстави для першого розряду, отримав лише другий — ротний командир не забув його незалежного характеру. У знак протесту Трохим відмовився фотографуватись з випускниками й викладачами — ще один прояв його вдачі, яка не дозволяла йому миритися з формальністю, позбавленою сенсу. Тоді ж він проситься служити до Черкас, де дислокувався 126-й піхотний Рильський полк. Хоча за ним пильно стежили, дозволили працювати нестройово.
Звання поручика він отримав 15 травня 1883 року. З того часу матеріальне становище трохи покращилося — з'явився денщик, певний порядок у житті. Але військова служба залишалася чужою його внутрішньому світові. Душа прагнула вільної думки, навчання, руху вперед. Зіньківський мріє про навчання в Одеському університеті, однак без атестата "доспілости" це було неможливо. Тож він наполегливо вчиться сам: читає українську, російську й зарубіжну літературу, стежить за періодикою, опановує іноземні мови, вивчає юриспруденцію.
У березні 1883-го в його житті з’являється Ганна Тимофіївна Сервичківська — жінка, яка відіграє значну роль у його долі. Їхнє знайомство стало поштовхом до глибших роздумів про шлюб, любов, життєві цінності. Зіньківський не сприймав фальші у стосунках, удаваної галантності чи маскараду соціальних норм. Він вірив у простоту, природність, щирість, якими має бути наповнене серце розумної й освіченої жінки. А любов для нього — не прикраса життя, а його сутність, джерело сили. Він твердо стояв на переконанні, що справжнє особисте щастя — це гармонія духовного і фізичного, коли чоловік і жінка розділяють погляди, ідеї, прагнення.
Ганна, хоч і мала інше уявлення про роль жінки, поступово намагається увійти у світ Зіньківського. Вона читає українську літературу, намагається писати листи українською, хоча живе в середовищі, де панує "кацапщина", за її власним визнанням. Її зусилля свідчать про глибоку любов до Зіньківського й повагу до його ідеалів.
1884 року здоров’я Трохима погіршується — доводиться лікуватися у Київському військовому шпиталі. Після переводу батальйону до Умані хвороби переслідують його знову. Але навіть фізична слабкість не зупиняє його — він знайомиться з Михайлом Комаровим, чия постать залишає глибокий слід у його житті. Той стає не лише другом, а й провідником у літературному та громадському середовищі. Саме за порадою Комарова Зіньківський береться за переклади праць Щедріна, Антоновича, Пипіна.
Літній табір у Житомирі 1885 року не надто надихає — він тужить за навчанням, мріє про гімназійний атестат. Згадують, як він днями сидів за книжками по 16–18 годин, тижнями не виходив з кімнати — така самовідданість вражає.
1886 року у Києві він успішно складає іспити при Другій класичній гімназії. Його охоче приймає під свій дах М. Комаров, знайомить з Олександром Кониським, Лисенком, Старицьким, Оленою Пчілкою, Житецьким. Зіньківський стає активним учасником літературного життя, виконує доручення Грінченка, обговорює видання нових творів, живе у ритмі національного руху.
Намагаючись вступити до Одеського університету, але не досягши мети, він обирає інший шлях — вирішує стати цивільним юристом. Для цього потрібно скласти іспити в окружному штабі Києва, а згодом — вступити до Військово-юридичної академії в Петербурзі. Іспити він складає блискуче, потрапляє у першу п’ятірку, отримує пільгу на навчання.
У Петербурзі він не втрачає зв’язків з українською громадою, знайомиться з Д. Мордовцевим, О. Пипіним. Він уже не просто офіцер — він стає частиною великого українського культурного руху, мислячою людиною, яка не схибила з обраного шляху.