У другій половині 1960-х — на початку 1970-х років Надія Коваленко опинилася під пильним наглядом радянських спецслужб через свою активну громадянську позицію та відданість українській культурі. Її протест проти перекладу підручників української літератури російською мовою, а також участь у культурних заходах, таких як колядування студентів у її домі в 1967 році, стали підставами для викликів у КДБ та обшуків. Особливої уваги з боку влади вона зазнала після участі в акціях протесту проти репресій, пов'язаних із презентацією фільму Сергія Параджанова "Тіні забутих предків", та участі в похороні художниці Алли Горської, яка стала символом опору радянській системі.
У 1968 році під тиском КДБ Надію Коваленко змусили написати заяву про звільнення "за власним бажанням". Вона перейшла працювати до школи №117, де продовжувала свою просвітницьку діяльність. До Дня космонавтики запросила Сергія Плачинду, автора книги про Сергія Корольова, а до річниці Івана Франка — його внучку Зіновію Франко. Ці заходи викликали нову хвилю переслідувань: її викликали до КДБ, організували стеження, підкидали в її квартиру та сумку в транспорті твори самвидаву. У результаті було знято з захисту її кандидатську та чоловікову докторську дисертації.
У 1972 році, під час масштабної операції КДБ "Блок", спрямованої проти української інтелігенції, Надія Коваленко знову зазнала допитів. Її розпитували про стосунки з відомими діячами, такими як Надія та Іван Світличні, Матвій Шестопал, Євген Сверстюк, Іван Дзюба та інші. На запитання про її "вину" відповідали: "Чому так багато ваших вихованців прагнуть вступити на українське відділення філологічного факультету? Чому ви вдома розмовляєте українською, чому на стінах — рушники, козаки, а немає Леніна? У вас сумнівні друзі".
Перша спроба виключити її з Комуністичної партії закінчилася невдачею, але через півроку її все ж виключили. Протягом чотирьох років вона не могла влаштуватися на роботу, багато знайомих відвернулися від неї. У ці важкі роки вона втратила матір. Працювала у школі №132 в молодших класах, оскільки старші класи їй не довіряли. Проте їй надали звання вчителя-методиста.
У 1985 році Надія Коваленко переїхала до села Стайки Кагарлицького району, де чоловік збудував ошатну хату з видом на Дніпро. Переїзд вона вважала фатальною помилкою, оскільки з початком перебудови з'явилася можливість активної громадської діяльності. Проте на руках у неї був немічний батько, якому в селі жилося краще. У Стайках вона знайшла нових відданих друзів — родину Литвинів. Три роки викладала у Стрітівській кобзарській школі, започаткованій Антоніною та Василем Литвинами. Але через відсутність транспорту змушена була залишити цю роботу. Протягом 15 років викладала у Стайківській школі українську мову і літературу, вела "уроки громадянства" за власною програмою. На базі школи проводились семінари для вчителів за її методикою викладання. Очолювала Кагарлицьку "Просвіту", двічі брала участь у виборчих комісіях від штабу Ющенка.
Надія Коваленко написала спогади про Бориса Антоненка-Давидовича, Івана Гончара, Михайла Стельмаха. Вийшли друком сім книг, серед яких біографічний нарис "Наодинці з совістю" про долю чоловіка Юрія Коваленка (помер у 2006 році), автобіографічний нарис "Пам'ять у полум'ї часу" та інші. Ще дві книги чекають свого часу.
Одного разу, розмірковуючи над наступним твором, вона відчула внутрішній поклик написати про Божу Матір Марію. Спочатку ця думка здавалася їй святотатською, але поступово, читаючи літературу та спілкуючись із сином, який прийшов до Бога, вона вирішила писати. Одержала благословення від священиків і протягом року написала книгу "Небесна заступниця", в якій розповідається про життя Божої Матері. Книга має просвітницький характер.
У свої останні роки Надія Коваленко жила у сина в Горенці. Вона не ходила, не могла читати через катаракту. Інколи до неї приїздили знайомі. На запитання, чим заповнений її день, вона, сміючись, відповідала, що тренує пам'ять, пригадуючи колись прочитані книги, зокрема "Гру в бісер" Германа Гессе, яку вважає однією з найінтелектуальніших книг. Також вона мала вірного друга — канал "Культура", який називала "універсальною енциклопедією українства".
Надія Дмитрівна Коваленко померла у 2021 році, залишивши по собі глибокий слід у серцях тих, хто знав її особисто, та в історії української культури і освіти.