Во второй половине 1960-х — в начале 1970-х годов Надежда Коваленко оказалась под пристальным наблюдением советских спецслужб из-за своей активной гражданской позиции и преданности украинской культуре. Ее протест против перевода учебников украинской литературы на русский язык, а также участие в культурных мероприятиях, таких как колядование студентов в ее доме в 1967 году, стали основаниями для вызовов в КГБ и обысков. Особое внимание со стороны властей она испытала после участия в акциях протеста против репрессий, связанных с презентацией фильма Сергея Параджанова "Тени забытых предков", и участия в похоронах художницы Аллы Горской, которая стала символом сопротивления советской системе.
В 1968 году под давлением КГБ Надежду Коваленко заставили написать заявление об увольнении "по собственному желанию". Она перешла работать в школу №117, где продолжала свою просветительскую деятельность. Ко Дню космонавтики пригласила Сергея Плачинду, автора книги о Сергее Королеве, а к годовщине Ивана Франко — его внучку Зиновию Франко. Эти меры вызвали новую волну преследований: ее вызвали в КГБ, организовали слежку, подбрасывали в ее квартиру и сумку в транспорте произведения самиздата. В результате была снята с защиты ее кандидатская и мужская докторская диссертация.
В 1972 году, во время масштабной операции КГБ "Блок", направленной против украинской интеллигенции, Надежда Коваленко снова подверглась допросам. Ее расспрашивали об отношениях с известными деятелями, такими как Надежда и Иван Светличны, Матвей Шестопал, Евгений Сверстюк, Иван Дзюба и другие. На вопрос о ее "вине" отвечали: "Почему так много ваших воспитанников стремятся поступить на украинское отделение филологического факультета? Почему вы дома разговариваете по-украински, почему на стенах — полотенца, казаки, а нет Ленина? У вас есть сомнительные друзья. target="_blank">JNSM+2dn.gov.ua+2zorya.poltava.ua+2
Первая попытка исключить ее из Коммунистической партии закончилась неудачей, но через полгода ее все же исключили. В течение четырех лет она не могла устроиться на работу, многие знакомые отвернулись от нее. В эти трудные годы она потеряла мать. Работала в школе №132 в младших классах, поскольку старшие классы ей не доверяли. Однако ей присвоили звание учителя-методиста.
В 1985 году Надежда Коваленко переехала в село Стайки Кагарлыкского района, где мужчина построил нарядный дом с видом на Днепр. Переезд она считала роковой ошибкой, поскольку с началом перестройки появилась возможность активной общественной деятельности. Однако на руках у нее был немощный отец, которому в деревне жилось лучше. В Стайках она нашла новых преданных друзей — семью Литвинов. Три года преподавала в Стретовской кобзарской школе, начатой Антониной и Василием Литвинами. Но из-за отсутствия транспорта вынуждена была покинуть эту работу. В течение 15 лет преподавала в Стайковской школе украинский язык и литературу, вела "уроки гражданства" по своей программе. На базе школы проводились семинары для учителей по методике преподавания. Возглавляла Кагарлицкую "Просвіту", дважды участвовала в избирательных комиссиях от штаба Ющенко.
Надежда Коваленко написала воспоминания о Борисе Антоненко-Давыдовиче, Иване Гончаре, Михаиле Стельмахе. Вышли в свет семь книг, среди которых биографический очерк "Наедине с совестью" о судьбе мужа Юрия Коваленко (умер в 2006 году), автобиографический очерк "Память в пламени времени" и другие. Еще две книги ждут в свое время.
Однажды, размышляя над следующим произведением, она почувствовала внутренний зов написать о Божией Матери Марии. Сначала эта мысль казалась ей святотатской, но постепенно, читая литературу и общаясь с сыном, пришедшим к Богу, она решила писать. Получила благословение от священников и в течение года написала книгу "Небесная покровительница", в которой рассказывается о жизни Божией Матери. Книга носит просветительский характер.
В свои последние годы Надежда Коваленко жила у сына в Горенке. Она не ходила, не могла читать из-за катаракты. Иногда к ней приезжали знакомые. На вопрос, чем заполнен ее день, она, смеясь, отвечала, что тренирует память, вспоминая когда-то прочитанные книги, в частности "Игра в бисер" Германа Гессе, которую считает одной из самых интеллектуальных книг. Также она имела верного друга — канал "Культура", который называла "универсальной энциклопедией украинства".
Надежда Дмитриевна Коваленко умерла в 2021 году, оставив после себя глубокий след в сердцах тех, кто знал ее лично, и в истории украинской культуры и образования.