Но Пётр I категорически отказался подтверждать какие–либо статьи, якобы из–за военного времени. Мол, неуместно заключать какие–либо соглашения, когда идёт война.
Скоропадский обратился к Петру I с просьбой, чтобы украинские казаки в городах оставались под командованием своих начальников — своей старшины, а не московских офицеров. Царь отказал и в этом.
Скоропадский просил царя вернуть Украине оружие (пушки и прочее), которое было забрано в Батурине. Разумеется, и в этом было отказано. Не удовлетворил просьбу гетмана о том, чтобы московские воеводы не вмешивались во внутренние дела Украины. Отказали также и в просьбе не обременять население постоями многочисленного московского войска.
Пётр I сделал такое лицемерное заявление при отказе Скоропадскому: мол, "…украинский народ имеет, по милости царя, столько вольностей, сколько ни один народ в мире". Какая же это была милость царя?
К Скоропадскому был приставлен постоянный надзиратель в роли министра — стольник А. Измайлов, который должен был следить за деятельностью гетмана. Он должен был наблюдать также за полковниками, за всей старшиной, прислушиваться к разговорам казаков и обо всём докладывать в Москву и в случае какого–нибудь "народного недовольства" прибегать к применению "великороссийских полков". Столица Гетманщины была перенесена из разорённого Батурина на границу с Россией — в город Глухов. Измайлов своей грубостью и презрением вызвал огромное возмущение украинской администрации. Вскоре его заменили другим резидентом — это был Протасьев, который вмешательствами во внутренние дела Украины превзошёл Измайлова. Несмотря на обещание Петра I не преследовать казацких полковников, которые во время войны были на стороне Карла XII и Мазепы, все они были арестованы вместе с семьями, часть их сослана в Сибирь. Многие их семьи были пущены по миру нищими, потому что у них отобрали и земли, и всё имущество.
Пётр I не считался с украинским правлением. Часто он сам назначал полковую и даже сотенную старшину из русских дворян или представителей других национальностей. Имущества, конфискованные у украинских старшин, он раздавал своим приближённым, которые абсолютно не считались ни с гетманом, ни с его администрацией.
Земли и имения, которые получали русские землевладельцы в Украине, становились центрами распространения нового крепостничества. Ведь их новые владельцы привозили из России своих крепостных и демонстрировали украинскому панству все прелести безграничного владения крестьянами. Это особенно нравилось той части украинской старшины, которая жаждала быстрее разбогатеть и сравняться в правах с русским дворянством.
Одновременно Пётр I и его правительство интенсивно использовали население Украины для сооружения многочисленных крепостей, рытья каналов, для строительства на финских болотах новой столицы империи — Санкт–Петербурга, укреплённой линии над Тереком, такой же линии возле Волги, возле Дона.
Казаки и простые крестьяне гибли не только на тех принудительных работах, но и в многочисленных войнах, которые вела Россия. На эти войны забирали людей, отрывая от собственного хозяйства, с их полным снаряжением. Кроме того, Украина терпела большие экономические убытки и от законов, которые принимало российское правительство для украинского купечества. Это и повышение торговой пошлины, и запрет торговать с западными государствами, и направление товаров из Украины через абсолютно невыгодные для неё балтийские порты, и регламентация торговых путей, через которые только и можно было вывозить товары. Всё это разрушало украинскую свободную торговлю.
Украинское общество постоянно деморализовывалось. Гетман Скоропадский терял авторитет, часть подчинённых уже обращалась не к нему, а прямо к московским чиновникам или к самому царю. Кроме того, российские чиновники охотно принимали жалобы от всех, чтобы потом выступить в роли миротворцев и защитников украинцев.
Наибольшим ударом для украинской администрации было основание в 1722 г. Малороссийской коллегии из шести московских чиновников во главе с бригадиром С. Вельяминовым. Эта коллегия лишала гетмана и тех небольших прав, которыми он ещё обладал. Она должна была принимать жалобы от населения, рассматривать эти жалобы, контролировать финансы в Украине; следить, чтобы казацкая старшина, мол, не обременяла простых казаков. И это при том, что в самой России крепостничество достигало небывалого мрачного разгула. А тут — такая забота о простых хлебопашцах. Этот исторический спектакль уже тогда заложил основы государственной политики коварства и фарисейства, когда за словами о добрых делах чиновников скрывались ужасные преступления имперского правительства.
Пётр I даже издал манифест к украинцам, в котором сообщал, что Малороссийская коллегия учреждена для того, чтобы "народ украинский не был ни от кого обременён, ни несправедливыми судами, ни притеснениями старшин". Вот таким миротворцем хотел выглядеть Пётр I и его правительство в глазах украинского населения, и всё это было направлено на отрыв народа от украинского гетманского правительства, на дискредитацию его в глазах народных масс.
Скоропадский обратился к царю с протестом против образования Малороссийской коллегии. Но, конечно, ему во всём было отказано. Терпеливый, уравновешенный гетман на этот раз не выдержал нареканий: он получил сердечный приступ и умер. Это было 3 июля 1722 г. Пётр I запретил избирать нового гетмана.
Но украинская старшина назначила наказным гетманом Павла Полуботка. Это был человек достаточно образованный, энергичный и авторитетный, который открыто отстаивал автономные права Украины. Он пытался сразу же противодействовать Малороссийской коллегии. В частности, противодействовал контролю финансов Украины, противодействовал рассмотрению жалоб на украинских чиновников. Он подал протест против деятельности Малороссийской коллегии, которая обращалась к Генеральной Военной Канцелярии (так называлась исполнительная институция гетманского государства — правительство) с приказами как к подведомственному учреждению. Он добился того, что Сенат приказал Вельяминову обращаться к Канцелярии с уважением, советоваться о тех мерах, которые она хочет осуществить в Украине.
Вельяминов был возмущён и решительно выступал против этого требования гетмана. Однако Полуботок провёл ещё одну важную реформу — судебную. Он превратил Генеральный суд в коллегиальный орган, развернул борьбу с взяточничеством, волокитой в местных судах, установил порядок подачи апелляций. И тем самым выбил из рук Малороссийской коллегии, которая была создана якобы для защиты интересов украинского населения в судах, важнейшее оружие.
Разумеется, реформа Полуботка вызвала огромное недовольство в столице Российской империи.
Пётр I вызвал в Петербург наказного гетмана Полуботка, генерального писаря Савича, генерального судью Черниша, ещё нескольких старшин и предъявил требование отменить все эти нововведения. К тому же, старшину Стародубского полка было подговорено московскими чиновниками написать прошение, чтобы чиновниками в Украине были только русские. В этой ситуации Полуботок со своими сторонниками пишут петицию о возвращении Украине её автономных прав. Разъярённый Пётр I отдаёт приказ арестовать гетмана и его единомышленников и бросить их в Петропавловскую крепость.
"История Русов" приводит немало фактов о расправе российских чиновников и лично царя Петра с последними украинскими государственными деятелями. Здесь, в частности, рассказывается, что государь велел взять их на пытки и судить в Тайной канцелярии. А их квартиру на Троицкой пристани огородить надёжной охраной. Эта Тайная канцелярия, повествует свидетель тех событий, была непохожа ни на какие гражданские или духовные судилища с их правами и обрядами.
"Была она единственной в своём роде во всём мире, подобно святой римской инквизиции", — со знанием дела констатирует современник. В ней не принимали ни доказательств, ни оправданий — ни письменных, ни свидетельских, ни совестных, то есть под присягой. Лицо, которое не признавало своей вины, должно было вынести пытки в три приёма, а в конце — огненным орудием, то есть раскалённой железной шиной и расплавленной серой.
Когда Савич на вопрос царя, знал ли он о злых намерениях его товарищей и земляков, которые будто бы душили баранов, купленных царём для разведения новой породы на юге Украины, ответил вежливо: "Не скажу вашесть", — то за ту вежливость получил затрещину и был отправлен на пытки. Когда же Петру сказали, что этот ответ является малороссийской вежливостью, он не поверил и послал в Украину специальное посольство, чтобы узнать, действительно ли там есть такое выражение — "вашесть" (то есть "ваша величность"), то выяснилось, что такое выражение существует. Это посольство стоило российскому правительству 70 рублей, которые, конечно, взыскали с Савича.
"История Русов" рассказывает, что когда Полуботку был оглашён приговор, он сказал царю Петру I такие слова: "Вижу, государь, и понимаю, из какого источника почерпнута злоба твоя, что не свойственна сердцу твоему и не подобает характеру помазаника Божьего. Правда и кротость, суд и милость — суть единое добро всех монархов мира сего. И законы, что управляют всем вообще человечеством и охраняют его от всякого зла, есть точное зерцало царям и властителям для их положения и поведения, и они первые надзиратели и хранители должны им быть. Откуда же происходит, что ты, о государь, ставя себя выше законов, мучаешь нас единой властью своей и бросаешь в вечное заключение, захватив в казну собственное имущество наше? Вина, на нас возлагаемая, есть лишь обязанность наша и обязанность святая во всех народах так почитаемая, а никоим образом не преступная и к осуждению не подлежащая. Мы просили и просим именем народа своего о милости к отчизне нашей, неправедно гонимой и безжалостно разоряемой, просим восстановить права наши и привилегии, торжественными договорами утверждённые, которые и ты, государь, несколько раз подтверждал. Народ наш усилил и возвеличил царство твоё добровольным союзом своим в такое время, когда ещё в нём всё было в состоянии младенчества и выходило из хаоса смутных времён и почти нищеты".
И далее: "Порабощать народы и владеть рабами и невольниками есть дело азиатского тирана, а не христианского монарха, который должен… быть верховным отцом народов. Я знаю, что нас ждут кандалы и мрачные тюрьмы… Но, пока ещё жив, скажу тебе правду, о государь, что придётся давать тебе отчёт непременно перед царём всех царей — Всемогущим Богом — за погибель нашу и всего народа".