Его жизнь проходила часто далеко от Украины, потому что его отец вынужден был время от времени отдавать сына то туркам, то ордынцам в заложники. По натуре он был молчаливым, не любил общаться с людьми и не очень их понимал. Это был человек с невысоким образованием, без чувства ответственности, но честолюбивый, из-за чего часто становился игрушкой в руках тех или иных политиков и группировок. Когда Юрий Хмельницкий снова стал гетманом (1659–1663), его вызвали в лагерь к А. Трубецкому. Юрась получил на подпись новый русско–украинский договор.
Украинские историки, в том числе и современные исследователи, утверждают, что это были сфальсифицированные московскими дьяками статьи, которые назывались так же, как и прежде при Богдане Хмельницком, — Переяславскими. Это были статьи, которые уже требовали подчинения политической жизни Украины московскому правительству, введения в новые полковые города Украины гарнизонов московских войск, которые отдавали в руки московских воевод всю экономическую жизнь Украины. Этот так называемый Переяславский договор 1659 года был подписан Юрием Хмельниченко. И именно этот вариант статей оставался впредь официальным документом, на котором основывались взаимоотношения Украины и Московии в последующие годы истории.
Вскоре этот сфальсифицированный документ стал единственным официальным текстом статей Переяславского соглашения, которое царские чиновники постоянно выдавали за договор самого Богдана Хмельницкого.
Согласно этому фальсификату теперь украинские гетманы не могли избираться без разрешения царя, они не имели права вести переговоры с другими государствами. Казачья рада не имела права без царского разрешения смещать гетмана, гетман не имел права увольнять или назначать генеральную старшину и своих полковников, не имел права самостоятельно выступать в походы, а шёл только с русским войском туда, куда укажет царь. Кроме того, киевский митрополит должен был признать власть Московского патриарха и прочее. Таковы основные положения этого нового Переяславского соглашения, которые фактически превращали украинскую государственность в автономию Московского царства.
Впоследствии всё это поставило Украину в драматическое положение. После подписания Юрием Хмельницким этих статей начинается новый этап в истории украинско–российских отношений и вообще новый период в истории освободительной борьбы украинского народа. Если до 1659 г. и, собственно, ещё до Гадячского соглашения 1658 г., украинский народ и его казачье–старшинские руководители боролись против польско–шляхетского господства в Украине, национально–освободительная борьба была направлена лишь против польско–магнатского засилья и католизации, то от этого рубежа начинается поворот в национально–освободительной борьбе украинцев: борьба идёт уже и против московского наступления на Украинское государство.
В первые десятилетия после Гадячского соглашения и новых Переяславских статей и, собственно, до конца XVIII века борьба украинцев, таким образом, велась в двух направлениях: 1) за окончательное вытеснение польско–панского господства на Правобережной Украине и 2) борьба против уничтожения Москвой на левобережной части той государственности, которая сложилась в ходе освободительной борьбы во главе с Богданом Хмельницким.
Таким образом, формируется новое направление и в общественно–политической мысли, и в среде военной казачьей верхушки. Эта борьба против уничтожения украинской государственности активно продолжалась до 1709 г. и уже с меньшей силой проявлялась в период до конца XVIII в.
Таким образом, будущим историкам нужно будет обратить внимание на новую периодизацию освободительной борьбы украинского народа, учесть, что она имела два этапа: с 1648 по 1657 гг. — как борьба исключительно против польско–панского порабощения; с 1659 г. появляется ещё одно направление — восточное, борьба против наступления Московского царства на государственное существование Украины. Впоследствии это направление становится доминирующим.
В 1660 г. Польша заключает со Швецией перемирие, договаривается с Крымским ханством и начинает войну с Московским царством и Украиной за возвращение украинских территорий. Украинские войска терпят поражение и, как писал летописец Самовидец, Юрий Хмельницкий вынужден был "согласие принять с войском коронным, присягнуть со своим войском" и заключить с Польшей Слободищенский трактат (18 октября 1660 г.). По этому трактату казачья Украина юридически возвращалась под Польшу на правах автономии; кроме того, с этого времени оформился раскол Украины на Правобережную и Левобережную части, где доминировали разные государства — Польша и Московия. С этого времени история Украины идёт двумя разными путями.
Правобережье отныне тесно связано с историей Польского государства, Левобережье — Московского. Там и там избираются свои гетманы. Украинские казачьи формирования воюют в составе войск своих государств друг против друга.
В 1663 г. Юрий Хмельницкий отказывается от булавы, и гетманом Правобережной Украины становится Павел Тетеря (1663–1665), сторонник пропольской ориентации украинской старшины. И в это же время на Левобережной Украине, в Нежине, на "чёрной раде" гетманом избирают Ивана Брюховецкого (1663–1668). Избирают его благодаря поддержке 8-тысячного отряда русских войск во главе с князем Д. Вели́ко–Гагиным, а также благодаря поддержке чёрных (то есть бедных) людей, которых богатый Брюховецкий легко купил дешёвыми обещаниями и ещё более дешёвыми угощениями. Конкуренты Брюховецкого, в том числе Я. Сомко и В. Золотаренко, вскоре были казнены.
Историки считают этого гетмана типичным представителем украинской старшины в эпоху так называемой Руины, которая начинается после смерти Хмельницкого.
Эпоха Украины–Руины — это бесконечная борьба против притязаний чужеземных государств на украинские земли, это политическое соперничество и междоусобицы гетманов, это экономическое разорение Украины, политический упадок остатков её государственности, моральная деградация её элиты.
Иван Брюховецкий был блестящим демагогом, умел расположить к себе трудовой люд обещаниями. Бывший слуга Богдана Хмельницкого, он стал льстивым слугой Москвы. Именно Брюховецкий стал первым гетманом Украины, который назвал себя "холопом" (то есть — рабом) московского царя. Более того, он получает за это унижение высокий чин московского государства — звание боярина, женится на московской княжне, дочери князя Долгорукого, и заключает с московским правительством новые соглашения — так называемые Московские статьи 1665 года. По этим статьям усиливалась административная и экономическая зависимость Украины от царизма, сужалась её автономная государственность. Брюховецкий соглашается на введение в новые города Украины новых гарнизонов московского войска. Соглашается на то, чтобы все налоги собирались в Украине московскими воеводами и те передавали их в Москву.
Для Украины он оставил только одну привилегию, которую завоевал украинский народ: это состояние казачества. Брюховецкий пошёл и на ликвидацию украинской православной митрополии: согласился назначить в Киеве митрополита, которого хотела прислать Москва. Это вызвало большое недовольство среди украинского духовенства. Игумены монастырей грозили затвориться в своих кельях и лучше умереть, чем принять московского владыку. Кроме того, в Украину прибыли московские чиновники, которые начали здесь перепись населения и вели себя крайне грубо, вызывали большое недовольство среди людей.
Внешнеполитическая деятельность Ивана Брюховецкого также была неудачной. Он не принял никакого участия в заключении Андрусовского соглашения между Польшей и Московией (1667). Украина же по этому соглашению снова юридически оформлялась разделённой по Днепру на две части. Правобережная Украина окончательно закреплялась за Польшей, Левобережная — за Московией. Киев лишь на два года оставался под властью Московского государства, но и после двухлетнего срока этот статус сохранился. Запорожская Сечь ставилась в зависимость от обеих держав. Это приводило к многочисленным несогласиям и конфликтам между казаками и царскими чиновниками.
В Украине стало распространяться недовольство деятельностью Брюховецкого. Было ясно, что он потеряет булаву. Поэтому в 1668 г. он созывает старшин и заявляет, что желает отойти от Московии и перейти под протекторат Турции, даже послал в Стамбул своих послов. Турецкий султан согласился на это предложение. Татары пришли на помощь — началось восстание против Москвы. Однако это уже не спасло авторитет гетмана. Он лишился и булавы, и жизни. Разгневанные казаки вытащили его из шатра и убили.
В то же время гетманом Правобережной Украины после Тетери был избран Пётр Дорошенко (1665–1676). Это был внук гетмана Михаила Дорошенко и один из сподвижников Богдана Хмельницкого. Дорошенко проявил себя как самый талантливый гетман эпохи Руины. Это был действительно выдающийся государственный деятель, который стремился объединить под своей булавой всю Украину. По его призыву казачья рада провозгласила, что Украина не признаёт над собой ни власти Польши, ни власти Московского царства. В этом деле он также опирался на поддержку турецкого султана. Дорошенко любили в народе, его поддерживали массы казаков, крестьян, мещан. Поэтому, когда Дорошенко двинулся на Левобережную Украину против войск Брюховецкого, народ с радостью встречал его. В этот момент казаки Брюховецкого взбунтовались и убили своего гетмана–перевёртыша. Дорошенко был провозглашён гетманом всей Украины. Но его триумф был недолгим.
Дело заключалось в том, что и Польша, и Московия, и Турция старались не допустить возрождения в Поднепровье великого государства, которое из-за своего выгодного геополитического положения могло бы играть серьёзную роль в Европе. Поэтому правительства этих держав внимательно следили за развитием событий, чтобы противопоставить каждому сильному гетману противовес, дабы ослабить его. Стоило только Дорошенко добиться успехов на Левобережье, как ему в тыл били какие-нибудь ставленники этих держав из числа честолюбивых, но политически слепых казачьих руководителей.
Против Дорошенко начали наступление и московские, и польские войска, которых он сначала успешно громил в союзе с ордынскими отрядами под Брацлавом (1666), под Подгайцами (1667). Но в конце концов нападение кошевого атамана Ивана Сирко на перекопских татар разрушило эту победу: татары, разгромленные сечевиками, пошли на союз с Польшей против Дорошенко. Как только он сумел снова поправить дело, опираясь на турецкий протекторат, против него выступил от запорожцев новый претендент на гетманство — Пётр Суховий, которого поддержали и татары.