Царь велел ему жениться на дочери князя Дмитрия Долгорукого. Гетман женился на ней, а некоторые полковники так же женились в Москве на боярских дочерях.
Однако не всей старшине пришлось вернуться домой.
Однажды гетман со старшиной обедал у князя Юрия Долгорукого. За обедом писарь Захар Шийкевич начал бранить дурными словами переяславского протопопа Григория Бутовича, войскового судью Петра Забелу и двух полковников. Шийкевич замахнулся на протопопа ножом. Протопоп выхватил у него нож, а тот бросился на протопопа с вилками. Сам гетман пожаловался на писаря царю. Царь велел устроить над писарем суд. На суде казацкий есаул Богдан Щербак показал, что Шийкевич обходился с казаками гордо и надменно, бил и даже искалечил некоторых казаков, а если кто из казаков приходил к писарю по делу, то он ругался, и никто не смел говорить с ним, пока он сам не заговорит. Суд осудил писаря, и царь велел выслать его в Сибирь.
Бруховецкий засиделся в Москве до самого Рождества. А тем временем с Украины до него доходили недобрые вести. На западной Украине, на Киевщине, поднимался славный Пётр Дорошенко, черкасский полковник. Дорошенко видел, что ни Москва, ни Польша не имеют силы и не могут выгнать одна другую с Украины, не хотят дать никаких прав и вольностей ни казакам, ни народу, а только попусту разоряют край. Он задумал выгнать с Украины и поляков, и москалей и снова соединить вместе обе половины Украины, разорванные Москвой и поляками, став гетманом всей Украины. Не имея в руках достаточно войска, он задумал обратить Украину под власть турецкого султана и с турецким войском выгнать с Украины и поляков, и москалей. Ещё за год до того он уже посылал в Крым к хану посланцев и просил его заступиться за казаков перед польским королём, чтобы король вывел своё войско с Украины и вернул из тюрьмы Юрия Хмельницкого и Гуляницкого. Хан тогда его не послушал. А тем временем казаки выбрали гетманом Опару, и он отдался под власть крымского хана. Но татары узнали, что Опара и к хану льнёт, и москалям письма пишет: они схватили Опару, заковали в кандалы и послали к королю. Король велел посадить его в тюрьму в Мариенбурге.
После этого татары напали на казаков Опары и начали стрелять и отнимать коней. Битва тянулась до ночи, а утром татары выступили перед ватагой Опары и закричали: казаки! Хотите взять себе гетманом Петра Дорошенко? Если возьмёте его, то мы не будем вас трогать. Казаки собрались на раду и согласились принять Дорошенко гетманом. Дорошенко был внуком Михаила Дорошенко, который был гетманом. Он родился в Чигирине. Ещё при Богдане Хмельницком он был прилуцким полковником, потом черкасским, а при Тетере был генеральным есаулом. Выбрав Дорошенко гетманом, ватага казаков Опары присягнула королю в верности, а хану — в дружбе. Дорошенко выбрали в 1665 году, и он сразу объявил себя сторонником татар и турок и начал отбивать города, захваченные Бруховецким. Он напал на Брацлав, где сидел полковник Дрозд, верный Москве и Бруховецкому, а казаки Дорошенко набежали под самый Киев, на Мотовиловку. Наказной гетман, переяславский полковник Ермоленко, писал царю и просил как можно скорее отпустить гетмана на Украину.
Зимой, с самого начала 1666 года, Бруховецкий вернулся на Украину. По Украине прошёл слух о пунктах гетманского договора с царём. Этот договор не нравился ни духовенству, ни казакам, ни горожанам, ни запорожцам.
Первым поднял голос против гетмана его давний приятель архиерей Мефодий с киевским духовенством. Мефодий 22 февраля 1666 года с печерским архимандритом и игуменами монастырей пришёл к московскому воеводе Петру Шереметьеву, который тогда сидел в Киеве, и просил, чтобы тот позволил подать царю прошение, чтобы царь не отнимал у духовенства давних прав и вольностей. Мефодий говорил, что киевское духовенство просило Бруховецкого позволить выбрать митрополита в Киеве по старому обычаю, свободными голосами духовенства, горожан и казаков, а гетман отписал, что в Киев царь пришлёт митрополита из Москвы. Мефодий говорил горячо, распалился, а дальше сказал: если только царь не позволит нам выбрать митрополита свободными голосами из украинских архиереев и пришлёт из Москвы готового, то мы запремся в монастырях, и разве что нас выволокут оттуда за шею и за ноги, только тогда в Киеве будет московский митрополит. Вот в Смоленске поставили из Москвы архиерея Филарета, а он уже поотнимал вольности у духовенства и зовёт смолян неправославными, иноверцами. Шереметьев успокоил духовенство, но оно уже стало против гетмана за то, что он ради своей выгоды уступил царю права духовенства. И в самом деле Бруховецкий начал отнимать у монастырей имения и земли. В марте киевское духовенство послало в Москву игумена Мелетия Дзику просить у царя разрешения выбрать себе митрополита свободными голосами. Царь сказал, что он послал письмо в Царьград, спросить об этом деле патриарха. Однажды за обедом в Лавре Мефодий и все духовные при московском боярине прямо сказали, что они не примут митрополита из Москвы, что Бруховецкий их лютый враг и им не нужен, потому что он теперь забрал всю власть в свои руки. Давние приятели, Мефодий и гетман, теперь стали врагами и оба писали письма царю, обговаривая друг друга.
Вместе с духовенством невзлюбили Бруховецкого и горожане-мещане. Бруховецкий хотел отнять у мещан их вольности и наговаривал на них перед царём, будто из-за этих вольностей мещане тянутся к Польше. Мещане должны были давать квартиры для московского войска, а гетман приказывал мещанам давать квартиры и казакам. Мещане теперь вынуждены были платить подати в царскую казну. В города наехали московские целовальники и собирали с мещан подати для царя, а казаки брали с них сборы и в гетманскую казну, выдирали силой. Московский воевода Шереметьев, узнав, что казаки собирают деньги с мещан в гетманскую казну, написал ему и велел не трогать мещан. В Переяславе грек Иван Тамара собирал на перевозе плату с проезжих людей для гетманов. Теперь московский воевода Шереметьев велел Тамаре собирать плату для царя. Тамара собрал пятьсот карбованцев и хотел отвезти деньги в Киев и подать через Шереметьева в Москву, а Бруховецкий велел ему привезти деньги к себе в Гадяч, да ещё не пятьсот, а тысячу карбованцев, и приказал: если Тамара не привезёт ему денег, он велит отсечь ему голову. Казаки отнимали у мещан мельницы, брали у них подводы, а москали и себе забирали у них подводы. Мещанам стало очень тяжело. Города стали против гетмана.
Как только Бруховецкий вернулся из Москвы боярином, на него начали грозно шуметь и казаки. Бруховецкий, вернувшись на Украину московским боярином, стал гордым с казаками, недоступным. Теперь казаки уже не выбирали полковников свободными голосами, как было прежде. Бруховецкий сам сажал полковников, будто царь, сажал людей, себе преданных, а непреданных самоуправно снимал с места, заковывал в кандалы и бросал в тюрьму. Ещё в Москве он отправил писаря Шийкевича в Сибирь. Теперь он наказал судью Юрия Незамая за то, что тот выдал паспорт на выезд из Канева пяти женщинам казаков, неприхильных к гетману. Гетман побил Незамая, заковал в кандалы и отослал в Москву, откуда царь выслал его в город Казань.
Потом он посадил в тюрьму нелюбимых им полковников Гамалию и Децика. Казаки кричали, что до этого времени среди казаков не было бояр и дворян, а теперь, как появились бояре и дворяне, казаки теряют свои давние вольности. Те полковники, которые добыли себе в Москве дворянство, стыдились и боялись называться дворянами. Переяславский полковник-дворянин Ермоленко сказал за обедом при всех, даже при московских людях: "Мне дворянство не нужно! Я по-старинному казак". Казаки в Переяславе кричали: "Пойдём на Запорожье! Соберёмся все да и ударим из Сечи на гетмана".
Бруховецкий увидел, что дело вышло плохо, и писал царю, чтобы тот прислал ещё больше московского войска на Украину: он думал с помощью этого войска удержаться на гетманстве. А тут начали прибывать на Украину московские воеводы с московским войском. Кроме Киева, воеводы сели в Прилуках, Лубнах, Гадяче, Миргороде, Полтаве, Батурине, Глухове, Соснице, Новгороде-Северском, Стародубе. Московское войско лилось на Украину, как когда-то польское. Вместе с воеводами наехали из Москвы урядники и начали переписывать всех людей в городах и сёлах: записывали земли, мельницы, леса, заводы, пасеки и всё обкладывали податями для царя. Московские воеводы грубо обходились с казаками и мещанами, обдирали их, ругались мерзкими словами, бесчестили молодиц и девушек, били казаков палками. Сам Бруховецкий жаловался в Москву, что переяславский воевода Вердеревский бил его зятя Михиенко, без вины посадил в тюрьму, гетманским людям не дал косить сено. В Полтаве московский воевода Хитрово ставил москалей в казацких хатах, ругал казацкого полковника и его жену мерзкими словами, казаков бил палкой, выбивал им глаза, плевал в лицо, толкал в шею, бесчестил девушек. Казаки бросали казакование и приписывались в мещане.
На Украине вспыхнуло восстание против воевод. Прежде всего в Переяславе. Какой-то человек в Переяславе, Петрушка Челюсткин, родом москвич, но давно живший в Переяславе, сговорился с казаками вырезать всех московских людей. Бруховецкий узнал об этом и велел заковать Петрушку в кандалы и отослать в Москву. Скоро после того, летом, когда полковник Ермоленко стоял со своим полком в слободе Богушкове, его полк взбунтовался: казаки убили Ермоленко, пошли в Переяслав, вырезали московское войско и подожгли половину города. Бруховецкий сидел тогда в Гадяче. Он дал знать в Киев воеводе Шереметьеву, и они оба вместе, из Киева и из Гадяча, двинулись на Переяслав и подавили бунт. Вожаков восстания схватили и отрубили головы одним в Киеве у Шереметьева, другим в Гадяче, у гетмана. Вместе с тем за Днепром некоторые города Бруховецкого передались Польше.
Тем временем против Бруховецкого и Москвы поднималось и Запорожье. В Сечи всё ещё сидел московский воевода Касогов, тот самый, что вместе с Сирко воевал с поляками. У него было пятьсот человек московского войска. Запорожцы услышали, что вытворяют в украинских городах воеводы с гетманом, и начали кричать, что они готовы пристать к Дорошенко и татарам.